奥美拉唑肠溶胶囊是肠溶片，所以要空腹服用，且不能咀嚼，因为饭后或者是在咀嚼以后，胃酸会把药性破坏。奥美拉唑的服用的方法会根据患者病情的不同而不同。如果是上消化道溃疡，则空腹早晚各1次或早晨空腹1次顿服，每次20mg，然后疗程是4-8周。卓-艾氏综合征的服用方法则是早晨空腹1次，顿服1次60mg，以后每日总剂量可根据病情调整为20－120mg，若一日总剂量需超过80mg时，就分两次服用。

患者使用该药物之后常见的不良反应有消化道症状，如便秘、腹泻、腹痛、恶心、胃肠胀气等，还可能会导致肝脏损伤，比如血清氨基转移酶增高等，所以对于肝炎和肝硬化的患者，要慎用该药物。其它的副作用有嗜睡、眩晕、失眠等，所以对于是过敏体质的患者，或者是有睡眠障碍的患者，也要避免使用奥美拉唑。

服用相同剂量的奥美拉唑，早晨比晚上服药的抑酸时间长，药效更佳，且饭前30分钟服药最佳，服药后吃早餐比不吃早餐的疗效好。 对于反流性食管炎，服用方法是一次20－60mg，一日1－2次，晨起吞服或早晚各一次，疗程通常为一到两个月。注意，肠溶制剂需要整片吞服 (包括肠溶片和肠溶胶囊)，不要嚼碎，否则将破坏肠溶衣膜，影响药效。 具体用法建议患者咨询医生，在医生指导下合理使用该药物。