对治疗腹泻等疾病有很好效果的布拉氏酵母菌散会有不良反应偶见(0.1%~1%)。全身过敏反应，皮肤荨麻疹，胃肠道顽固性便秘，口干；罕见(0.1%)：全身有真菌血症，血液循环系统静脉水肿。皮疹植入中央静脉导管后，患者免疫功能下降，严重胃肠道疾病或高剂量治疗后，真菌感染罕见，少数患者学习血液培养阳性。据报道，极度虚弱的人会患布拉氏酵母菌败血症。值得注意的是，布拉氏酵母菌散不应与全身或口服抗真菌药物一起使用。
布拉氏酵母菌散含有活体细胞，不能与50℃以上的热水、冷冻或酒精饮料和食物一起服用;对于严重腹泻的患者，布拉氏酵母菌散不能代替补液，根据年龄和健康状况添加适量水分;布拉氏酵母菌散是一种活菌制剂。如果通过传播进入血液循环，就有引起全身真菌感染的危险，因此不得用于高危中央静脉导管治疗的患者;建议不要在接受中央静脉输液的患者附近开处方，以避免任何方法将布拉氏酵母菌散注入输液管，特别是通过手动输送。
布拉氏酵母菌散可以治疗成人或儿童急性感染或非特异性腹泻，不过妊娠期间不应使用布拉氏酵母菌散，哺乳期使用的安全性尚未确定，应尽量避免。
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