由于健脾丸属于中成药类非处方药，这一类药物的疗效和安全性均没有经过循证医学的验证，如果患者出现胃酸过多，使用健脾丸可出现泛酸、烧心的副作用，因健脾丸中有山楂。如果患者的脾胃不虚弱，吃了健脾丸会出现口干舌燥、容易上火、口臭、大便干结、心烦失眠。有部分患者对健脾丸中的成分过敏，可出现皮肤瘙痒、皮疹，停用后一般可自行缓解。
健脾丸属于补益类的药物，主要由党参、枳实、麦芽、白术、山楂组成，通常用于脾胃虚弱、不思饮食、胃脘胀满、食少便溏等症状的患者，具有健脾开胃的作用，适宜饭前服用。偶见患者出现恶心、呕吐、食欲不振、腹痛等胃肠道反应，若饭后服用则会减轻药物对胃肠道的刺激，减少药物不良反应的发生率，特别是对于脾胃功能不好的患者，饭后服用可以有效的起到保护胃肠道黏膜的作用。
建议患者在服药期间的饮食应清淡，忌食生冷油腻、刺激性食物，多吃一些新鲜的水果和蔬菜。急性胃肠炎患者不宜服用。腹痛、腹泻、黏液脓血便症状的患者不宜服用。胃阴虚所致的消化不良不宜服用。此药不宜长期服用，若服药三天症状仍无改善，或者出现其他症状时应立即停用，并到医院就诊。
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