目前瘦型脂肪肝的病因及发病机制暂不明确，基因、代谢失调、生活方式、骨骼肌萎缩、肠道菌群改变在瘦型MAFLD中起重要作用。

  据部分研究，将瘦型MAFLD和非瘦型MAFLD患者进行比较，PNPLA3(G)等位基因在瘦型脂肪肝个体中的患病率较高。TM6SF2(T)2和IFNL3/IFNL4(C)等位基因在瘦型脂肪肝患者中的患病率也有所增加。

   与肥胖背景下的NAFLD相似，胰岛素抵抗似乎是瘦型NAFLD发病机制中的一个关键因素。研究表明，与非NAFLD受试者相比，患有NAFLD的非肥胖受试者更有可能出现胰岛素抵抗。在非肥胖、非糖尿病个体中，瘦型非酒精性脂肪肝与胰岛素抵抗相关，与代谢综合征的其他成分无关。在最近的一项前瞻性队列研究中，将健康的瘦受试者与瘦的NAFLD或肥胖的无糖尿病的NAFLD的受试者进行比较，瘦的NAFLD与糖耐量受损和脂联素水平降低有关，这与肥胖的NAFLD几乎相同。

此外，高血尿酸水平增加瘦胸脂肪肝发生率。在对 11项研究的Meta分析中，发现血尿酸与瘦型NAFLD之间存在显著的相关性，并且血尿酸水平最高组与血尿酸水平最低组相比MAFLD的风险增加了近2倍。

高果糖、高胆固醇的摄入对瘦型MAFLD发病有重要作用。软饮料/甜味饮料摄入量与肝脂肪变性有关，摄入过量饮料和肉也被认为是校正BMI 后引起瘦型 MAFLD的危险因素。我国一项对工人进行的横断面流行病学研究，调查坐着时间与NAFLD之间的关系，在调整混杂因素后，久坐时间(>7.1小时/天)与NAFLD患病率相关。结果表明，坐位时间越长(>7.1小时/天)，NAFLD患病率越高。另一项在中国人群中进行的病例对照研究观察了体力活动和非酒精性脂肪肝之间的剂量-反应关系。研究报告称，在调整了BMI、高血压、糖尿病、空腹血糖和久坐时间后，男性的体力活动与NAFLD的风险呈剂量依赖性负相关。

骨骼肌含量可以用来判断代谢稳态。非酒精性脂肪性肝病患者经常伴有肌肉减少和脂肪增多（肌少症性肥胖）。骨骼肌在胰岛素介导的葡萄糖代谢过程中起到了重要的作用。骨骼肌的减少可能导致胰岛素抵抗和MAFLD。一项在韩国首尔对健康体检受试者10年的随访研究发现，瘦型MAFLD患者的四肢骨骼肌质量降低与MAFLD的发生显著相关，而肥胖者的四肢骨骼肌质量降低与MAFLD的发生关联性不是很显著。

据相关研究，瘦型脂肪肝有明显的代谢和肠道微生物区系，赖氨酸浓度较高，与内脏脂肪堆积有关。另一项研究报道，患有NAFLD的患者胆汁酸和法尼类X受体(FXR)活性增加(以成纤维细胞生长因子15/19衡量)，这意味着他们具有更好的代谢适应能力，可能相对耐肥胖。值得注意的是，这种适应随着疾病的进展而减弱。瘦型脂肪肝患者可能有明显的肠道微生物区系特征，富含与肝脏脂肪生成有关的物种。在巴西一项小样本研究中发现，瘦型脂肪肝患者的粪杆菌属（Faecalibacterium）和瘤胃球菌属（Ruminococcus）的丰度比肥胖型脂肪肝患者降低了3倍，而且消瘦组的乳杆菌的丰度相对不足。