1、报销比例不同：甲类药品100%按照报销比例报销。乙类要自付一部分，报销一部分，具体的报销比例根据各地政策和具体药品而有所不同。
2、药品疗效和价格不同：甲类药品是指由国家统一制定的、临床治疗必需，使用广泛，疗效好，同类药物中价格低的药物。乙类药品是可供临床治疗选择使用、疗效好、同类药品中比甲类药品价格较高的药品。
3、标识不同：甲类的otc标识为红色标记，乙类的otc标识为绿色标识，甲类乙类药品都是医保范围内的。
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