环孢霉素软胶囊是一种免疫制剂，有一定的副作用，常见的副作用是胃肠道反应，可能导致厌食或恶心呕吐。此外，还可引起牙龈增生或牙龈出血、血清肌酐或血尿素氮升高、肾小球滤过率降低等肾功能损害表现。因此，在使用过程中应定期监测肾功能，此外，环孢素软胶囊的异常副作用可引起惊厥，或对肝功能造成一定损害。在使用过程中，转氨酶或胆红素血症会增加，还会出现腹痛和腹泻。
此外，可能有皮疹或头晕。环孢素是强效的免疫抑制剂，能够延长皮肤、心脏、肾脏或者是肺移植的存活期。还能够抑制细胞介导反应的发生，包括异体器官移植迟发性的过敏反应以及其他的免疫性反应。环孢素能够抑制淋巴因子，包括白介素的释放和产生，因此环孢素软胶囊主要具有免疫抑制的效果，还可以用于器官移植患者，起到抗排异的反应。
环孢素软胶囊不可以长期服用。如果长期使用环孢素软胶囊可能会对肝肾功能造成一定损害，甚至还会损害消化系统，不利于自身健康。在服用环孢素软胶囊前，患者应详细咨询医生，不可自行更改药物剂量或者是疗程。需要注意的是，对环孢素过敏者、病毒感染者禁用环孢素软胶囊。应用此药物期间尽量不要吃辛辣、刺激性的食物，以免影响药效发挥，不利于治疗。
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