临床上吗替麦考酚酯片的主要禁忌如下：对该药物有超敏反应的患者禁用本品；哺乳期妇女使用本品期间应停止哺乳；尽管还未对孕妇作充分和良好的对照研究，只有在本药的潜在优点超过对胎儿的潜在危险时方予应用；有严重症活动性消化性疾病，例如有消化性溃疡的患者也尽量不要服用，有骨髓抑制的患者不能够应用，伴有次黄嘌呤、鸟嘌呤转磷酸核糖激酶遗传缺陷的患者也不可以应用。
这种药物有比较好的耐受性，大多数的患者并没有出现有肝功能的损伤，极少数的患者会出现有转氨酶的升高。应用吗替麦考酚胶囊主要要注意经常进行血常规和肝功能的检查，因为这种药物容易导致出现有血细胞的异常，也容易导致出现有肝功能的损伤。停用这种药物后，可以继续应用一些硫唑嘌呤进行调理。这种药物也可以和激素类的药物或者是免疫抑制剂等进行调理，但是要减少这种药物的具体剂量。
用药开始时应每两周检测血常规、肝功能。在用药期间如果没有严重副作用出现，应每月定期检查血常规和肝功能，如果出现轻度异常时，应至少每周检查一次，直至恢复正常以后再改为每月一次。半年内无副作用，可以每三个月检查一次。
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