总的来说，君尔清的副作用是多方面的，副作用还是比较大的，主要有以下几个方面：首先是胃肠道不良反应。患者可能出现腹泻、恶心、呕吐、消化不良，胃炎、口炎、舌炎、舌胎黑、粘膜念珠菌病、结肠炎和引起出血的假膜性结肠炎。在抗生素治疗期间或治疗后会出现假膜性结肠炎症状。

其次，使用君尔清可能出现过敏反应：皮肤麻疹、瘙痒、荨麻疹、血管水肿、血清似病症反应（荨麻疹或皮肤麻疹并伴随关节炎、关节痛、肌痛和频繁发热）。多型性红斑（罕见Stevens-Johnson综合症）和剥脱性皮炎（包括中毒性皮肤坏死）均有报道。这些症状可以通过抗组胺药控制。如果必要，服用皮质类固醇。如果以上任何一种症状出现，应立即停药，除非另有医嘱。与其他β-内酰胺抗生素合用，会出现严重的偶发性过敏发应，

另外，君尔清对肝的影响：羟氨苄青霉素类抗生素治疗的患者，服用本品的患者偶有肝功能损坏的报告，包括AST和/或ALT升高，血胆红素和碱性磷酸酶升高。在老年患者，男性患者或长期治疗的患者中这类报告更为常见。治疗时或在停止治疗后几周内，可能有肝功能损坏迹象或症状发生。如严重的肝功能损坏通常是可逆的，极罕见有死亡报道，并且通常是与严重潜在疾病或合并治疗相关的病例。

除此之外，君尔清对肾、血液和淋巴系统以及中枢神经系统都会带来不良反应，比如罕见有激动，焦虑，行为变化，混淆，惊厥，头晕，失眠和可逆性的机能亢进。但君尔清的疗效还是十分不错的，患者可以根据医嘱选用。