金匮肾气丸在临床上主要是用于用于肾虚水肿、腰膝酸软、小便不利、畏寒肢冷等疾病的治疗。金匮肾气丸还具有提高人体造血机能、增强人体免疫力的作用；对于宫寒不孕，带下清稀，或尿增多的女性患者，也有不错的治疗效果。金匮肾气丸还可增加精子质量，男性只要是肾虚肾亏，就会导致自己的精子质量下降，如果男性准备要孩子的话，身体的肾方面又有虚弱的迹象就可以使用金匮肾气丸来改善自己的病情

金匮肾气丸成分中的药物都是有一定补肾壮阳的作用。金匮肾气丸还治疗男性的肾虚并发症，男性发生肾虚的时候，不仅仅会导致自己的性功能异常，最重要的是会造成自己的腰部酸软无力，精神萎靡，还有怕冷手脚冰凉的情况。金匮肾气丸还能全面调节肾脏系统，可以使阳痿遗精，浮肿，耳鸣自汗、腰膝酸软等症状完全消失，然后快速激活性上腺神经，完全恢复其敏感度，使其保持高度兴奋状态。

金匮肾气丸含有多种大补的成分，属于补益的药物，所以部分患者服用之后可能会出现口干、舌燥、流鼻血等现象。另外对于糖尿病和外感发热的患者是禁止使用的。如果患者本身有高血压、心脏病、肝病、肾病等慢性基础疾病慎用此药。在临床使用金匮肾气丸时，为了避免身体不适，促进身体尽快恢复，服药期间忌食辛辣、油腻、生冷、不易消化以及有刺激性的食物。