醋酸氯己定栓有一定的副作用，但是副作用对人体的危害是有限的。在使用醋酸氯己定栓之后，容易出现阴道黏膜潮红或者阴道表面出现灼热、瘙痒等不良症状，通常在停止用药之后就会自动消失，因此用药者不用过于担心。在使用醋酸氯己定栓之后还容易刺激身体，造成分泌物增加。

醋酸氯己定栓具有广谱抑菌、杀菌的效果，主要适用于霉菌性阴道炎、化脓性阴道炎、宫颈糜烂等妇科疾病，除此之外，对于白带异常、性病也有一定的治疗效果。该药物可以改变浆膜和细胞膜的通透性，能够起到杀菌的作用。除此之外对于变形链球菌、葡萄球菌、丙酸杆菌和白色念珠菌都有一定的敏感性。如果在用药过后出现了过敏反应，或者造成了身体局部的瘙痒和刺痛，都需要立即停止用药，并清洗局部的皮肤，及时到医院进行检查。在用药期间也要定期到医院复查，根据身体的恢复情况合理调整药量。

在用药期间极个别的用药者，在用药的时候可能会伴随有烧灼感，一般停药后就会消失。如果用药过于频繁，可能会造成阴道黏膜表面的潮红、阴道膜表面的糜烂，经常容易伴随有不适感。因此用药者要遵循医生或者药师的指导，严格控制用药量和用药频率。