作者：田乐 北京市怀柔区怀北镇卫生院

微生物的种类至今为止有记载的约有20万种，而估计总数约为500万～600万种。面对如此繁杂、多样的物种，必须掌握一定的分类学知识和理论，才有可能对微生物类群有一个较为清晰的认识。
细菌分类学是微生物分类学的一个分支，是对细菌进行分类、鉴定与命名的一门学科。目前，细菌分类学已从按表型分类的传统分类学发展到按照亲缘关系和进化规律进行分类的系统分类学。分类学的任务是在全面了解细菌的生物学特征的基础上，研究细菌的种类，探索其起源、演化及与其他类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发展规律的分类命名系统。
分类的任务是通过收集大量的个体资料，经过科学的归纳、整理，使之形成一个完整的分类系统。从细菌分类学的发展阶段上，早期的分类系统主要以细菌的形态和生理生化特征为依据，这种早期的分类观念渐渐被所谓的自然关系理论所替代，即表型与系统进化学分类理论。在表型与系统进化学分类理论中，表型分类突出菌株间的相互联系，不包含菌株间的进化关系及与祖细胞的联系，系统进化分类则突出菌株与祖细胞的关系。表型与系统进化学分类理论具有方法稳定、客观、可预见性，且适用于所有细菌的特点，在分类实践中，将表型与系统进化学分类的优点相结合的分类方法也称为多相分类学。
分类等级又称为分类单元。细菌的分类单元和其他生物相同，种以上的系统分类单元自上而下依次分为七级：
界，门，纲，目，科，属，种。种是细菌分类学中最重要的同时也是首要元高于非同种菌株间的相似性。在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株（type strai素。目前公认的种的定义为：由同一起源而来的菌株所构成的集合，且同种菌株间的相似性n）作为它的具体代表，这种典型菌株就称为模式种（type species）或标准菌株（standard strain）。例如：在两歧双歧杆菌的大量菌株中，只有“ATCC29521”才是它的标准菌株。由此可见，在细菌分类学中，“种”只是一个抽象的概念，“种”的许多生物学性状是由其典型的模式种来体现的。它是该“种”的参比菌株。在细菌的分类、鉴定和命名时均以模式菌为依据，也可作为质量控制的标准。
同一种内的细菌，在某些方面仍有一定的差异，可再分成亚种（subspecies），亚种以下的分类等级为型（type），以区别某些特征。例如由抗原结构不同而分的血清型（serotype）；对噬菌体敏感性不同而分的噬菌体型（phagetype）；对细菌素敏感性不同而分的细菌素型（bacferiocin-type），因生化反应和某些生物学性状不同而分的生物型（biotype）等。
在“种”这一细菌分类的基本单元之上，将性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属，相近的属归为一科，依次类推。在两个等级之间，可添加次要分类单位，如亚门、亚纲、亚属和亚种等。群和组不是正式分类等级，泛指具有某种共同特性的某个群体，任何等级都可借用。对于更高分类等级如属（genus）、科（family）和目（order），目前尚缺乏统一的分类方针，但实际操作中，高等级的分类单位大多数用16SrDNA序列相似性和族群稳定性来描述。
多相分类学“polyphasic taxonomy”是由Colwell于1970年代提出的，其含义是将所有可以获得的表型、基因型和进化学信息整合在一起，建立普遍适用于所有细菌的分类方案。目前与此目的相适应的分类方法包括基因分类、表型分类及生化分类等方法。
常用基因分型方法包括DNA杂交法、rRNA寡核苷酸分析和鸟嘌呤加胞嘧啶碱基比例的测定。
表型分类法，以细菌的形态、生理特征为依据的分类法奠定了传统类的基础。选择一些较为稳定的生物学性状，如细菌的形态结构、染色性、培养特性、生反应、抗原性作为分类依据，然后按主次顺序逐级区分。这种方法使用方便，分类亦较为确，但对分类性状的选择有一定主观性，掺杂着一些人为因素。
化学分类学法（是指应用分析方法收集关于细胞不同化学成分的信息来进行细菌分类。正如其他表型技术和基因分型技术一样，一些化学分类方法广泛应用于大量细菌，而有一些很特异只能适用于一些特殊的细菌。




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