莫匹罗星软膏不能长期用，因为莫匹罗星软膏属于一种局部外用抗生素，而抗生素连续使用抗生素不宜超过一周，如果莫匹罗星软膏使用一疗程后症状无好转或加重，应立即去医院就医。

因为长期用莫匹罗星软膏的话有可能引发严重的副作用的发生，莫匹罗星软膏是局部外用抗生素，适用于革兰阳性球菌，引起的皮肤感染，例如脓疱病、疖肿、毛囊炎等，原发性皮肤感染及湿疹合并感染，不超过10厘米乘以10厘米面积的，浅表性创伤合并感染等，继发性皮肤感染等等。需要注意的是，对莫匹罗星，或其他含聚乙二醇软膏过敏者禁用莫匹罗星软膏。儿童必须在成人监护下使用，孕妇慎用，哺乳期妇女慎用。哺乳期妇女涂莫匹罗星软膏时，应防止药物进入婴儿眼内，如果是在乳头区域使用，请在哺乳前彻底清洗。

局部应用莫匹罗星软膏，一般无不良反应，偶见局部烧灼感，蛰刺感及瘙痒等，一般不需停药，偶见对莫匹罗星，或其软膏基质产生皮肤过敏反应，如皮疹，肿胀，严重者可引起呼吸困难或虚脱，已有报告显示，莫匹罗星软膏，引起全身性过敏反应，但非常罕见，如出现上述不良反应，应去医院就医。也就是说因为莫匹罗星软膏为局部外用抗生素，所以抗生素的使用有一个周期。用药时间不足的话，有可能根本见不到效果;即便见了效，也应该在医生的指导下服够必须的周期。如果有了一点效果就停药的话，不但治不好病，即便已经好转的病情也可能因为残余细菌作怪而反弹。