贻贝粘蛋白鼻腔喷雾在正常使用的情况下，副作用较为低微，不会引起严重危害患者健康的副作用，其副作用还因个体差异而不同，常见的副作用有：过敏反应、味觉异常、眼部不适、轻度打嗝等。

使用贻贝粘蛋白鼻腔喷雾过程中，部分人可能出现过敏反应。过敏反应的表现形式可能是不同的，有的人可能只是出现鼻塞、流鼻涕和头痛的现象，而有的人则可能出现过敏性鼻炎、眼部症状甚至严重过敏反应。因此在使用贻贝粘蛋白鼻腔喷雾时，要提前了解自身是否对其成分有过敏反应，特别是对贻贝、其他软体动物或海鲜过敏的人要特别注意。贻贝粘蛋白鼻腔喷雾的使用还可能会引起味觉异常，部分患者会出现苦味或药味，这种情况会随着时间的推移而逐渐消失。极少数患者在使用贻贝粘蛋白鼻腔喷雾的时候，会感觉到被喷入眼部的药液，出现眼部不适症状，因此使用药物时应注意避开眼部，喷到药液入眼时应及时用清水冲洗。

需要注意的是虽然贻贝粘蛋白鼻腔喷雾的副作用较低，但对于孕妇、哺乳期妇女和儿童等特殊人群，应该更为谨慎。此外对于已经长期使用贻贝粘蛋白鼻腔喷雾的患者，也需要定期接受相应的检查，以避免患上其他疾病和对药物产生过敏反应等不良反应。