骨化三醇胶丸临床应用无明显副作用，但个别患者用药时可出现高血钙、厌食、头疼、呕吐及便秘等不良反应。慢性疾病主要包括营养不良，感觉障碍，并伴有口渴，发热，多尿，脱水，冷漠。另外，极少数病例可引起严重的不良反应,如血肌酐升高、肾功能减退及肝功能异常等,这是比较少见的。

骨化三醇胶丸是维生素D3最重要的火星代谢产物之一，在体内估值合成增加期间，骨化三醇生成量会稍微增加。是可以促进肠道对于钙的吸收并且可以调节骨的钙化;可以抑制胶质细胞的增生，促进其分化;还可以抑制T淋巴细胞的增生，并可以将炎症因子的分泌量调整到正常水平。主要治疗绝经后和老年骨质疏松;可用于慢性肾功能衰竭的肾性骨营养不良症;特发性、假性或者术后甲状腺功能低下;可用于维生素D依赖型佝偻病、低血磷性维生素D抵抗性抗佝偻病等。

打算使用骨化三醇胶丸的妊娠期妇女需要权衡利弊，只有当收益远远大于危害的时候才可以选择使用，当决定对患有甲状旁腺功能低下的妊娠期妇女用药，在妊娠期后期加大剂量，在产后减少剂量。哺乳期使用这个药物，会经过乳汁进入婴儿的身上，可能会对婴儿造成不良影响，因此要检测母亲和婴幼儿的血钙浓度。