苍耳子鼻炎胶囊属于凉性药物，因为方中含有清热解毒的成分，所以脾胃虚寒者不宜服用，虽然苍耳子鼻炎胶囊对治疗鼻炎有很大的疗效，但不能长期服用，不然也会有副作用出现的，它会诱发细菌耐药，病原微生物为逃避药物，在不断的变异，耐药菌株也随之产生，目前，几乎没有一种抗菌药不存在耐药现象。
患者长期服用苍耳子鼻炎胶囊还会损害人体器官，该药属于抗菌药，它在杀菌的同时，也会造成人体损害，如影响肝、肾脏、胃肠道反应及引起再生障碍性贫血等功能，导致二重感染，在正常情况下，人体的口腔、呼吸道、肠道都有细菌寄生，寄殖菌群在互相拮抗下维持着平衡状态，所以患者要适量用药。
另外如果长期使用苍耳子鼻炎胶囊这种抗菌药，敏感菌会被杀灭，而不敏感菌乘机繁殖，未被抑制的细菌，真菌及外来菌也可乘虚而入，诱发又一次感染；造成社会危害，滥用抗菌药可能引起一个地区某些细菌耐药现象的发生，使抗菌药物的功效越来越弱，这样发展下去，将会出现对某些细菌感染的治疗束手无策。所以患者应在医生的指导下谨慎用药，若在服药期间如果出现任何不适的症状，都应尽快咨询医生或者药师。
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