作者：孟志刚北京市海淀医院

急性脑炎/脑病是一种严重的神经系统综合症,偶尔与病毒感染有关。全面的病毒检测是可取的,因为在许多情况下病毒病原体还没有被发现。我们评价了下一代测序(NGS)检测脑炎/脑病患者临床样本中病毒的效用。我们首先通过比较临床血清样本中人疱疹病毒6(HHV-6)的NGS序列数和实时PCR检测的HHV-6负荷,测定了NGS的敏感性和定量性能。hhv-6被测量,因为它偶尔会引起儿童的神经系统紊乱。NGS检测HHV-6序列的灵敏度与实时PCR的灵敏度相当。而hhv6阅读的数量与hhv6负载有显著相关。其次,我们研究了NGS检测18例小儿急性脑炎/不明病因脑病病毒序列的能力。分别在2例和1例脑脊液中检测到大量柯萨奇病毒A9和腮腺炎病毒序列。另外,在每位患者的血清中检测到转矩泰诺病毒和辣椒温和斑斑病毒序列。这些数据表明NGS对于检测小儿脑炎/脑病患者的致病病毒是有用的。分别在2例和1例脑脊液中检测到大量柯萨奇病毒A9和腮腺炎病毒序列。另外,在每位患者的血清中检测到转矩泰诺病毒和辣椒温和斑斑病毒序列。这些数据表明NGS对于检测小儿脑炎/脑病患者的致病病毒是有用的。分别在2例和1例脑脊液中检测到大量柯萨奇病毒A9和腮腺炎病毒序列。另外,在每位患者的血清中检测到转矩泰诺病毒和辣椒温和斑斑病毒序列。这些数据表明NGS对于检测小儿脑炎/脑病患者的致病病毒是有用的。急性脑炎和脑病的特点是在发高烧后几天内意识水平改变或癫痫持续性惊厥,并与高发病率和死亡率有关。有脑内炎症证据的患者被诊断为脑炎,但在临床上区分脑炎和脑病有时是困难的。急性脑炎/脑病最常见的病因是感染,单纯疱疹病毒(HSV)、流感病毒和人疱疹病毒6(HHV-6)等病毒是小儿患者已知的重要病因。为了鉴别脑炎/脑病的病毒病原体,已为一些特定的病毒使用了PCR和病毒抗原检测包。另一方面,在大多数病例中,由于检测检测尚未建立,或许多病毒不常用,所以没有发现急性脑炎/脑病的病原体。例如,包括1570名患者的加利福尼亚脑炎项目未能查明63%的患者的脑炎病例 1 .然而,病原体的识别对于正确的诊断是重要的,并且可能是选择特定治疗所必需的。下一代测序(NGS)为在一次测试中对所有以前编目和排序的病毒进行相对公正的测试提供了前景。传统的病毒检测分析,如血清学、病毒分离和PCR,都集中在一组特定的候选病毒上,NGS对样本中的DNA或RNA序列进行了无偏见的调查。近年来,NGS已被应用于检测病毒和发现新的病毒的临床样本虽然识别脑炎/脑病患者的病毒病原体具有挑战性,但若干研究表明,通过检测脑脊液(CSF)或脑组织中存在的病毒驱动DNA或RNA序列,NGS对于识别病毒病原体是有用的。在本研究中,我们用NGS研究小儿急性脑炎/脑病患者的脑脊液和血清样本为了验证基于NGS的方法检测临床样本中的病毒衍生序列,我们检查了从有明确的病毒感染诊断的患者那里获得的血清或脑脊液样本。腺病毒暴发性肝炎(血清)、HSV脑炎(CSF)和HCV(血清)患者的典型结果见 .腺病毒暴发性肝炎患者为一名患有急性髓系白血病的12岁女性,曾接受骨髓移植。她在移植后的第103天患上了肝炎,在第113天死于肝功能衰竭.以前报告过该案的细节 7.HSV脑炎患者为12天大的男性新生儿,出现发烧和癫痫。经实时脑脊液PCR诊断为新生儿HSV脑炎。丙型肝炎病毒感染的患者是一名14岁男性,他感染了围产期传染病。他的肝功能测试是正常的,但是检测到了高的丙肝负荷。在DNA测序中,人类的序列是最丰富的,绝大多数检测到的病毒序列符合单一主要病毒,如预期(检测到的腺病毒基因组覆盖率较高,六孔基因测序结果表明,检测到的腺病毒分为2型,与病毒分离结果一致(数据未显示)。另一方面,在丙型肝炎病毒患者血清中的RNA测序中,丙型肝炎病毒序列占总读数的2.1%(Ns5B区域的测序结果表明,检测到的丙肝病毒被归类为1B基因型(数据未显示)。然而,由于库制备的输入RNA数量较少,以及接下来优先形成的适配器二聚体,因此,从光明适配器序列衍生的非分类序列最为丰富。事先过滤这些非必要工件减少了沉重的计算负担爆炸搜索。重要的是,所有rna图书馆都含有禽抗逆转录病毒参考基因组的序列映射,如1型禽骨髓母细胞增生症病毒和Rus肉瘤病毒,覆盖率高(数据未显示)。但是,它们很可能是从人类遗传学中残留的禽逆转录病毒基因组物质中获得的(加利福尼亚圣迭戈的伊卢米娜)。对于使用NGS进行的病毒元基因组学分析,我们已经发现,脚本库的制备方法所获得的病毒读率比TruusqRNA试剂盒V2(ILLUMINA)要高,但是只有在使用脚本子基因组的库中才检测到禽逆转录病毒序列。