两种抗生素是属于不同类别的抗生素，杀菌机制以及抗菌谱，治疗的疾病，副作用等都是不同的，青霉素是属于青霉素类抗生素，主要是通过抑制细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用的，而红霉素属于大环内酯类的抗生素，主要是通过抑制细菌蛋白质合成来抗菌的。

抗菌谱也是不一样的，青霉素主要是窄谱的抗生素，主要是对溶血性链球菌，还有肺炎链球菌等有良好的抗菌作用，对于其他的革兰氏阴性菌作用是比较差的，而红霉素除了对革兰氏阳性菌都有很好的活性以外，还对军团菌肺炎以及支原体衣原体等有作用。

青霉素主要适用于敏感的细菌导致的各种感染，比如肺炎，还有心内膜炎等。此外对于溶血性链球菌引起的感染比如咽炎，扁桃体炎，还有肺炎链球菌引起的中耳炎，脑膜炎等都是首选的一个药物。红霉素主要是作为青霉素过敏患者的替代用药，常适用于肺炎支原体，还有肺炎衣原体引起的肺炎，还有可以用于军团菌病。

副作用的话青霉素的主要的副作用就是会出现过敏反应，过敏反应是比较常见的，所以青霉素在使用前是需要做皮试的，而红霉素主要的反应就是胃肠道反应，会有腹泻，恶心，呕吐等。过敏反应是比较少的，一般是不需要做皮试的。