妈咪爱不可以长期服用。服用妈咪爱应该在医生指导下服用或遵循用药说明，一般两岁以下的孩子，一天可以服用一到两次，每次吃一袋，两岁以上的孩子每天可以服用一到两次，每次可以吃一到两袋。如果孩子恢复正常或症状改善时，应立即停药，防止长期服用造成的损害。
妈咪爱中含有大量枯草杆菌以及肠球菌，这两种活菌可以补充孩子肠内正常的生理菌群，抑制病菌，促进孩子对营养物质如维生素、微量元素、蛋白质、磷酯等在肠内的消化、吸收以及有害物质的分解、排泄，但如果长期服用妈咪爱可能会出现肠内正常生理菌群数量过多，造成腹泻次数增加、尿量减少的情况，立即停止用药即可恢复正常。同时，长期服用妈咪爱可能会导致孩子过度依赖妈咪爱，影响肠内菌群生长的正常环境，不利于自身肠道正常菌群的建立与平衡。
冲泡妈咪爱时应禁止使用高于40℃的溶液冲泡，防止温度过高使妈咪爱中的活菌失活，不能发挥作用。服用妈咪爱时，三岁以下孩子应慎用碗冲泡后直接服用，因为直接用碗可能会在服用过程中发生呛咳，导致活菌进入气管、支气管，可能会发生潜在的呼吸系统感染风险，所以建议在奶瓶冲泡后用奶嘴服用。
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