牛黄清心丸中含有人工牛黄，还有麝香等成分，会对胃部产生一定的刺激，所以有的病人会出现胃肠道适，而有的肝肾功能也会出现下降的情况。其次，牛黄清心丸含有的朱砂、雄黄等药物具有一定的毒性，服用后有一定的中毒风险。牛黄清心丸具有多种功效与作用，治疗效果显著，目前没有发现什么明显的副作用，但不可长期服用牛黄清心丸。用药要细心，服用牛黄清心丸有些禁忌需注意，要在医生的指导下服用牛黄清心丸。

服用牛黄清心丸的时候需要注意以下几点。首先，传染病急性期高热神昏谵语者不宜用;大汗虚脱、霍乱泄泻、久吐久泻不止、大失血导致阴血亏虚的抽搐、痉、厥，四肢冰冷，额头冷汗，二便失禁的虚脱型患者不宜服。其次，牛黄清心丸忌与治疗冠心病的亚硝酸异戊脂类药物如硝酸甘油、消心痛等同时合用，以免形成含汞离子的有害物质;不要与西药溴化钾、溴化钠、碘化钾、碘化钠同用，以防生成刺激性较强的溴化汞、碘化汞，损伤消化道。

第三，牛黄清心丸含人参、白芍，忌与含藜芦、五灵脂的的药物同用。第四，牛黄清心丸含肉桂，忌与含赤石脂的药物同用;牛黄清心丸含白蔹，忌与含乌头的药物同用。任何药物都具有一定的副作用，副作用是药物固有的，不可避免但是危害不大。不过，药物长期服用就会产生毒性作用，所以不建议长期服用牛黄清心丸。